我校于1979年开始招收硕士学位研究生，1981年11月3日被国务院学位委员会批准为首批硕士学位授权单位，同时获批药理学、神经病学、中医内经3个硕士学位授权点。经40多年的发展，学位授权点有了长足发展，具体见下表。2013年成为教育部、国家卫生和计划生育委员会批准的第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。目前拥有硕士研究生导师900余名，培养单位有皖南医学院第一附属医院、皖南医学院第二附属医院、中国科学技术大学附属第一医院（安徽省立医院）、芜湖市第二人民医院、浙江省人民医院、中国人民解放军东部战区总医院等40余家，至今共培养各类毕业研究生近4000人。

皖南医学院硕士学位授权点一览表