中西医结合基础是在首批国医大师李济仁以及一批中西医结合专家的研究基础上，于1998年获得硕士学位授予权，2000年开始招收培养硕士研究生。学位点依托学校和第一附属医院（弋矶山医院），现有中西医结合研究中心、新安医学研究中心2个研究机构。“中医专病—风湿病”连续获批为安徽省“十二五”、“十三五”中医重点专科专病建设项目，2012年“中医痹病学”获批国家中医药管理局重点学科。2009年获批建设“国医大师李济仁”工作室，2013年为中医科学院博士后科研合作单位，2022年获批建设李艳全国名老中医专家传承工作室。

学位点围绕新安医学活态传承、“国医大师”李济仁的学术思想和临床经验进行研究挖掘，应用网络药理学、代谢组学、分子生物学技术、形态学实验技术等方法对风湿病、高血压、肿瘤等慢性疾病开展相关研究。重视中医药特色与现代医学理论、技术和方法的融合及应用，率先提出了“临床时间病学”，重在对临床疾病的发生、发展、治疗、向愈的时间节律性进行研究，并在国内同专业中首先提出“中医形体医理学”理论，主要研究中医理论与临床的形体基础，使中医证候能够与形体结合，中医临床能够与现代实验室检查有机结合。针灸作用机理研究是延续了汪桐教授“经络实质的二重反射学说”稳定的研究方向，现主要围绕中医脑病开展针刺的化学神经解剖学原理的研究工作。